Vụ án đã gây thiệt hại kinh tế rất lớn cho một số bên liên quan, đặc biệt là các ngân hàng cấp tín dụng, với số tài sản, tiền phải thi hành án gần 6.000 tỷ đồng, nhưng tới nay còn khoảng 3.000 tỷ chưa thi hành được. Cụ thể, cả hai công ty Epco và Minh Phụng phải bồi thường và thanh toán các khoản nợ cho 6 ngân hàng gồm: Ngân hàng Công thương Việt Nam (Incombank, nay là Vietinbank), Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank), Ngân hàng Thương mại cổ phần xuất nhập khẩu Việt Nam (Eximbank), Ngân hàng Thương mại Cổ phần Sài Gòn Công Thương, Ngân hàng Thương mại cổ phần Đại Nam; Ngân hàng Thương mại cổ phần Gia Định, tổng số tiền gần 6.000 tỷ đồng và 32,6 triệu USD.

Bên cạnh đó, số tài sản phải xử lý để bảo đảm thi hành án cũng rất lớn với trên 390 danh mục gồm 476 đơn vị tài sản là nhà xưởng, dây chuyền sản xuất, máy móc, kho tàng, văn phòng, biệt thự… khối tài sản này tòa án xác định tại thời điểm xét xử trị giá trên 2.232 tỷ đồng. Từ năm 2002, ông Nguyễn Tấn Dũng là trưởng ban chỉ đạo thi hành án.[8]

Tính tới tháng 6/2011, vụ án còn hàng nghìn tỷ VND chưa được thi hành xong.[9]

Dư luận bấy giờ cho rằng toàn bộ tài sản to lớn của Minh Phụng và EPCO bao gồm hệ thống các xưởng sản xuất may mặc, nhiều nhà cửa, khách sạn và đất đai bị nhà nước tịch biên, nếu được bán theo giá thị trường, Minh Phụng có khả năng hoàn trả các khoản nợ dễ dàng và chỉ phải chịu hình phạt tù về gian lận tài chính, chứ không đến mức bị tử hình. Tuy nhiên, ở thời điểm bấy giờ, thị trường bất động sản Việt Nam đang đóng băng do ảnh hưởng từ cuộc khủng hoảng tài chính Đông Nam Á năm 1997, nên việc tài sản của EPCO bán được nhanh và thu được đủ tiền trả nợ là một vấn đề rất khó khăn (nếu việc này dễ dàng thì Tăng Minh Phụng đã làm để đảo nợ chứ không để bị bắt).